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ガラパゴス諸島の気候は温暖で乾燥しています。これは島の周辺を流れるフンボルト海流の影響によるもので、気温は温かく、年間を通して島は過ごしやすい気候となっています。
大きな島の気候は標高により異なります。気温は標高が高いほど低くなる一方、山脈を覆う雲により湿度が形成されるため、降水量は、標高と共に多くなります。雨量は島の場所によって大きく異なります。
雨はほとんど降らず、特に沿岸部の高原では少なくなり、年間降水量は350～400ミリほどです。一方、山間部では雨がよく降り、地域によっては年間降水量が2000ミリを超えるところもあります。ガラパゴス諸島の沿岸部では、1月から4月の間に短期間ですが雨季となる一方、他の月は雨はほとんど降りません。
最高気温は3月が30.1度、9月が24.6度、最低気温は9月が18.7度、2月が22.6度です。
フンボルト海流が流れているにもかかわらず、海水温は21度を下回らず、3月には27度に達します。
ガラパゴス旅行のベストシーズン
ガラバゴス諸島は温暖で天気がよいため年間を通して訪れることができます。
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ガラパゴス諸島の気候テーブル
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| サンクリストバル（ガラパゴス） (6 メートル) | ||||
| 月 | 平均最低気温 (°C) | 平均最高気温 (°C) | 降水量 (mm) | 平均降雨日数 |
| 1月 | 22,9 | 29,2 | 83,4 | 11 |
| 2月 | 23,1 | 30,3 | 107,4 | 10 |
| 3月 | 22,9 | 30,5 | 106,3 | 11 |
| 4月 | 22,8 | 30,2 | 94,9 | 6 |
| 5月 | 22,7 | 29,2 | 41,9 | 5 |
| 6月 | 21,7 | 27,6 | 32,5 | 8 |
| 7月 | 20,7 | 26,4 | 18,8 | 13 |
| 8月 | 19,8 | 25,6 | 9,8 | 14 |
| 9月 | 19,8 | 25,7 | 7,6 | 12 |
| 10月 | 20,0 | 26,0 | 11,0 | 11 |
| 11月 | 20,9 | 27,0 | 12,6 | 8 |
| 12月 | 21,7 | 27,8 | 51,5 | 10 |
| 年 | 21,6 | 28,0 | 577,7 | 119 |
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| サンタ・クルス島 (ガラパゴス) | ||||
| 月 | 海水温度 °C | |||
| 1月 | 24 | |||
| 2月 | 26 | |||
| 3月 | 27 | |||
| 4月 | 26 | |||
| 5月 | 24 | |||
| 6月 | 23 | |||
| 7月 | 22 | |||
| 8月 | 21 | |||
| 9月 | 21 | |||
| 10月 | 21 | |||
| 11月 | 22 | |||
| 12月 | 23 | |||
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