Tra i capolavori del Museo del Prado i pittori spagnoli sono quelli più rappresentati, e tra questi il museo ha una vasta collezione di opere di El Greco, Diego Velázquez e Francisco de Goya.
Francisco Goya è presente con oltre 140 opere, tra le più conosciute e interessanti: la Maja desnuda e la Maja vestida, Il fantoccio, La famiglia di Carlo IV, Il 3 di maggio del 1808 a Madrid: Le fucilazioni sulla montagna del Principe Pio.
Velázquez è presente con circa 50 dipinti, tutti di grande pregio, tra questi i più conosciuti sono: Las Meninas, L’Adorazione dei Magi, il Ritratto di Filippo IV da giovane, il Trionfo di Bacco (I bevitori), il Crocifisso in un paesaggio, il Cristo crocifisso, La resa di Breda.
Le opere di El Greco sono una trentina, tra queste: il Cavaliere con la mano sul petto, l’Annunciazione, la Fuga in Egitto, il Retablo (pala d’altare) della Trinità, e il Retablo (pala d’altare) del Collegio di Doña María de Aragón.
Tra le opere più importanti esposte nel museo del Prado troviamo: Il Cardinale di Raffaello (Sala 49), L’Annunciazione del Beato Angelico (Sala 49), La Crocifissione di Juan de Flades (Sala 57 B), Il cavaliere con la mano al petto di El Greco (Sala 10 A), La famiglia di Filippo IV o Le damigelle d`onore di Diego Rodriguez de Silva y Velazquez (Sala 12), Il sogno di Giacobbe di José de Ribera (Sala 16 B), Il 3 di maggio del 1808 a Madrid.
Le fucilazioni sulla montagna del Principe Pio di Francisco de Goya y Lucientes (Sala 39), Il Ritratto di Carlo V a cavallo di Vecellio Tiziano (Sala 11), L’Immacolata Concezione di Giambattista Tiepolo (Sala 89), La Deposizione di Roger van der Weyden (Sala 58), Le tre Grazie di Pieter Paul Rubens (Sala 9), Artemisia di Harmenszoon van Rijn Rembrandt (Sala 7), L’Autoritratto di Albrecht Dürer (Sala 55 B), Il giardino delle Delizie di Hyeronimus Bosch (Sala 56), Oreste e Pilade (Gruppo di San Ildefonso) di Autore Anonimo (Sala 71).
Tra gli altri artisti presenti troviamo opere di Gian Lorenzo Bernini (San Sebastiano), Sandro Botticelli (Nastagio degli Onesti), Caravaggio (Davide e Golia), Artemisia Gentileschi (Nascita di San Giovanni Battista), Pieter Paul Rubens (Il giardino d’amore, Ratto di Ganimede, L’origine della Via Lattea, Diana e Callisto, Il giudizio di Paride), Raffaello Sanzio (L’andata al Calvario, Madonna della rosa).